Im verzweifelten Kampf der letzten Menschen gegen die Außerirdischen soll ein geklontes Mädchen mit unglaublicher Kampfstärke die Rettung bringen: Black Rock Shooter! Durch ihre Amnesie kann sie jedoch in eine Falle gelockt werden - und bald stellt sich heraus, dass es nicht länger um eine Invasion geht. Um sich an der Menschheit zu rächen, plant ein weiterer Klon die Vernichtung des gesamten Planeten...