Die Suche nach seinem Vater führt Negi im Zuge einer Klassenreise nach Kyoto. Dort soll er zudem einen wichtigen Brief übergeben. Leider wird diese Klassenreise komplizierter, als Negi erwartet hatte: ein Feind versucht, Konoka zu entführen, und jemand entdeckt sein Geheimnis. Ist das alles vielleicht etwas viel für einen zehn Jahre alten Jungen?